Онисим в молодом возрасте был рабом некого Филимона, христианина знатного рода, жившего в городе Колоссах Фригийской области. Святой Онисим провинился и, побоявшись наказания, бежал от своего господина в Рим, где был заключен под стражу в тюрьму. Там он встретился с апостолом Павлом, который просветил его и окрестил. Павел упоминает об Онисиме в Послании к Колоссянам, называя его своим "верным и возлюбленным братом".

Апостол Павел, был лично знаком с хозяином Онисима, святым Филимоном и написал ему письмо, где просил простить беглого раба, приняв его как брата. С этим письмом он отправил святого Онисима к его господину, тем самым лишив самого себя помощи.

Когда Святой Филимон получил письмо, то не только простил Онисима, но и отпустил его на волю. Он послал Онисима обратно в Рим к первоверховному апостолу. Впоследствии святой Филимон был рукоположен во епископа города Газы.

После смерти апостола Павла святой Онисим служил апостолам до их смерти и был поставлен ими во епископа. Глубоко состарившись Онисим занял престол епископа в Ефесе после апостола Тимофея.

За твердую веру во Христа, Онисим был жестоко избит камнями, а затем ему отрубили голову мечом.