Проповедник обратил в христианство столько язычников, что образовалась большая община, для которой он построил и освятил храм во имя Архистратига Михаила. Император Диоклетиан, поощрявший гонения на христиан, приказал схватить Автонома, но святитель сумел скрыться в Клавдиополе. В дальнейшем он продолжал проповедовать христианское учение.

Однажды язычники решили отомстить христианам. Выбрав момент, когда святитель Автоном служил Божественную литургию, язычники напали на храм Архистратига Михаила и, после истязаний, убили святого Автонома, обагрив алтарь церкви его мученической кровью. Диакониса Мария извлекла тело святого мученика из-под груды камней и предала погребению.

Во времена правления святого Константина на месте погребения святителя Автонома была воздвигнута церковь. Около 430 г. обветшавшую церковь разобрал один священник. И, не зная, что под храмом похоронено тело мученика, устроил церковь на новом месте. Через 60 лет мощи святого были обретены нетленными и создан храм во имя священномученика Автонома.