Иоанн родился на Кипре в семье знатного вельможи Епифания. По воле родителей вступил в брак и имел детей. Когда все члены семьи святого умерли, он решил стать иноком: постился и молился каждый день. Хотя он не был ни монахом, ни клириком, народ избрал Иоанна на патриарший престол. Едва став патриархом, Иоанн сосчитал всех нищих в Александрии и раздал им свое имущество. И впоследствии он занимался благими делами: давал у себя в доме приют бедным людям, выкупал пленных. За это Иоанна прозвали Милостивым.

Незадолго до кончины святой Иоанн вынужден был по болезни оставить свою кафедру и удалиться на остров Кипр. Во время пути на корабле больному святителю было знамение: в сонном видении ему явился светозарный муж и сказал: "Царь царей зовет тебя к Себе". Это видение предвозвестило скорую кончину Патриарха. Прибыв в родной город Амафунт, святитель мирно скончался.